Высшим органом управления Объединения является Правление, которое формируется Участниками.
В состав Правления входят представители Участников и Председатель правления. Председатель правления избирается Правлением сроком на пять лет.

В 2009 году Председателем МАИТО избран д.т.н., проф. Сытник А.А., первый проректор Саратовского государственного технического университета.

• решает вопрос о включении в МАИТО новых участников;
• избирает и освобождает от должности Председателя правления;
• обеспечивает достижение МАИТО целей, для которых оно было создано;
• принимает решения о реорганизации и ликвидации МАИТО;
• реализует решения о реорганизации и ликвидации МАИТО;
• другие вопросы по соглашению Участников.

Наблюдательный совет МАИТО осуществляет свою деятельность на общественных началах и формируется из числа Участников.
Основная функция Наблюдательного совета – обеспечение соблюдения МАИТО целей, для достижения которых оно создано.

• осуществление общего надзора и координации деятельности Объединения, обеспечение необходимого межведомственного взаимодействия;
• определение приоритетных направлений, среднесрочной и долгосрочной перспективы деятельности МАИТО;
• оказание помощи Председателю Правления в оперативном поиске средств для решения первоочередных задач.

Заседания Наблюдательного совета проводятся не реже, чем одни раз в год. Заседание Наблюдательного совета правомочно, если на заседании присутствует более половины его членов. Решения принимаются большинством голосов членов, присутствующих на заседании.

Члены Наблюдательного совета могут принимать участие в заседаниях Правления МАИТО с правом совещательного голоса.